詹姆斯·麦迪逊总统连任两届后，宣布让贤。他所在的共和党提名另外一位维吉尼亚人詹姆斯·门罗为下届总统候选人。1816年大选时，反对党联邦党已经几乎不存在了。联邦党人甚至没有开会推举总统候选人。不过，康涅狄克、德拉瓦和麻萨诸塞三个州保证要投票支持联邦党人鲁弗斯·金。
门罗轻松获胜，1817年2月宣誓就职，后来又当选连任，先后任期一共八年。门罗就职几个月后，就踏上征程，走访美国的13个州，所到之处，都受到热烈欢迎，就连新英格兰地区也出现了庞大的欢迎人群。门罗三个半月后返回华盛顿，虽然筋疲力尽，但是民众的态度让他深感欣慰。
然而，门罗的当选并没有让所有人欢欣鼓舞。毕竟，他已经是来自维吉尼亚州的第四位总统了。这种情况让其他州，特别是新英格兰地区的政治领袖很不痛快。门罗努力改善局面，计划把内阁里四大要员的位置按照地理位置分配，东北部、南部、西部和中部大西洋沿岸各一个。
这样一来，不仅能加强团结，而且能让门罗获得全国各地区最准确的信息。不过，门罗没能如愿以偿，在他的内阁里，只有三个地区的领袖，西部没有代表。
国务卿由麻萨诸塞州的约翰·昆西·亚当斯担任。亚当斯是前总统约翰·亚当斯的儿子，以前曾经是联邦党人，后来在托马斯·杰斐逊任期内，改弦易张，投奔共和党。他曾经担任驻俄罗斯的使节，是1812年战争跟英国的首席谈判代表。
门罗总统要求肯塔基的亨利·克雷出任战争部长，被克雷婉然拒绝。门罗因为找不到其他合适的西部人选担任战争部长，所以决定任命南卡罗来纳州的国会议员约翰·卡尔霍恩。此外，财政部长继续由来自南方乔治亚州的威廉·克劳福德担任，司法部长由维吉尼亚的威廉·沃特担任。
门罗上任后遇到的问题之一是佛罗里达东部的骚乱，也就是今天美国东南部的佛罗里达州。当时，那片地区归西班牙所有，但是西班牙只控制着几个小镇，其余地区都是罪犯、在逃奴隶和前英国士兵的地盘。
当地还有西米诺尔和克里克印第安部落。有时候，佛罗里达东部的人会跨过边界，对美国人发动袭击。西米诺尔印第安人和边界对面的乔治亚州人就曾发生过一次激烈冲突。
1812年英美战争中的英雄安德鲁·杰克逊将军得到命令，率兵进攻印第安人。杰克逊写信给门罗总统说，“告诉我美国是否想占领佛罗里达地区。我60天内就能办到。”杰克逊没有得到回音，他认为，这是门罗的默许，所以立即纠集兵马，直扑佛罗里达。
杰克逊将军没有抓住任何印第安人，但是占领了两个西班牙城镇，圣马克斯和彭萨科拉。他还逮捕了两个英国人。这两个英国人接受军事法庭的审判。法庭认定，二人的间谍罪和向印第安人提供枪支的罪名成立，被处死。杰克逊将军下令一些驻军留守佛罗里达，然后返回了田纳西。
门罗总统一得到消息，立即召开内阁会议。除了国务卿亚当斯以外，所有人都认为杰克逊的做法过了头，但是大家一致决定，不公开指责他。国务卿亚当斯向英国和西班牙作出解释。亚当斯在给英国的信中历数了那两个英国人在佛罗里达的所作所为，解释了处死他们的理由。英国同意不采取行动。
亚当斯在写给西班牙的信中是这样说的：西班牙没有履行条约里的承诺，保证边境和平。美国出兵佛罗里达，是为了保护美国公民。美国承认佛罗里达属于西班牙，但是如果今后，美国被迫再次进入佛罗里达采取自卫行动，美国就可能不再归还西班牙的领地。西班牙有两种选择，要么增兵维持治安，要么把佛罗里达送给美国。
实际上，西班牙除了把佛罗里达送给美国，没有其他选择。当时，西班牙在南美的殖民地正在闹叛乱，纷纷宣布独立。阿根廷有圣马丁，智利有奥希金斯，还有西蒙·玻利瓦尔在北部创建的大哥伦比亚共和国。西班牙忙于料理南美局势，无法向佛罗里达增兵。西班牙国王因此同意把佛罗里达送给美国，作为交换，美国答应拿出五百万美元，安抚那些要求西班牙赔偿的美国公民。
美国和西班牙1819年2月签署了条约，立即得到美国国会参议院的批准，但是西班牙国王迟迟不在条约上签字，足足拖了两年。他希望美国接受一项额外要求，那就是，不承认西班牙在南美洲的殖民地的独立。美国拒绝接受，并威胁说，西班牙必须批准佛罗里达条约，否则美国就要强行夺取佛罗里达。西班牙被逼无耐，只好签字。
很多美国人都认为，美国应该承认南美共和国的独立，国会众议院议长亨利·克雷就是其中一员。他表示，外交上的承认有助于保护这些新共和国的权利和自由。他说，这样做还能加强它们跟美国的经济联系，让它们效仿美国的外交政策，使美国在整个美洲取得领导地位。
亚当斯国务卿表示反对。他不认为南美新独立的国家能够建立自由政府，他还担心，美国承认它们的独立，会带来跟欧洲国家的麻烦。拿破仑战争结束后，一些欧洲国家签署协议，维持和平，并相互协助，镇压反叛势力，在西班牙和意大利都取得了成功。但是英国不肯加入协议，也不希望这些欧洲国家插手南美洲的事务。
英国跟南美新独立的国家建立了良好的贸易关系。英国提议跟美国发表联合声明，保证两国都不会夺取西班牙在南美洲的殖民地，同时反对西班牙将其美洲领地送给其他任何一个欧洲国家。
门罗总统本想接受英国的提案，向前总统杰斐逊和麦迪逊征求意见。两人都表示支持。然而，国务卿亚当斯坚决反对。他提出，美国在反对欧洲干涉南美事务的问题上，应该自己采取行动。门罗总统最终接受了亚当斯的意见。他1823年向国会提交了美国外交政策原则，也就是所谓的“门罗主义”，里面就包括了亚当斯的主张。
